scgpt

aipoch/open-science/resources/skills/scgpt

Embed and annotate single-cell expression data with scGPT, a foundation model for single-cell biology. Use this skill when: (1) Producing cell embeddings from an AnnData for clustering/integration, (2) Zero-shot or fine-tuned cell-type annotation, (3) Gene-level representation for perturbation/GRN tasks. For probabilistic single-cell models (scVI etc.), use the scvi-tools library.

把下面的话发给 Claude Code、Codex 或 Cursor。智能体会先检查内容，经你确认再安装。

请帮我安装这个 Agent Skill：https://github.com/aipoch/open-science/tree/main/resources/skills/scgpt

1. 先读取该目录下的 SKILL.md 和其他文件，检查是否有可疑内容（执行未知脚本、读取密钥、向外发送数据等），用中文告诉我它会做什么、需要哪些权限；
2. 等我确认后，再把整个目录安装到 ~/.claude/skills/scgpt/（如果你不是 Claude Code，安装到你自己约定的 skills 目录）；
3. 安装后告诉我怎么触发它。

安装到个人 Skill 目录（对所有项目生效）。只想在当前项目用，改为 .claude/skills/。

git clone --depth 1 --filter=blob:none --sparse https://github.com/aipoch/open-science.git /tmp/scgpt-src
cd /tmp/scgpt-src && git sparse-checkout set "resources/skills/scgpt"
mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "resources/skills/scgpt" ~/.claude/skills/scgpt

Skill 可以让智能体执行脚本。安装第三方 Skill 前务必看一遍内容，详见「安全」一课。

SKILL.md

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