bulk-rnaseq

K-Dense-AI/scientific-agent-skills/skills/bulk-rnaseq

准备批量 RNA-seq 差异分析

Prepares bulk RNA-seq FASTQ, Salmon, STAR or featureCounts output for gene-level differential expression. Covers nf-core/rnaseq and standalone quantification, biological replication, strandedness, reference provenance, validated count assembly and a PyDESeq2 handoff. Use for FASTQ-to-counts analysis, nf-core/rnaseq configuration, STAR/Salmon quantification, or building a counts matrix for DESeq2. For single-cell data use scanpy; for statistical fitting alone use pydeseq2.

把下面的话发给 Claude Code、Codex 或 Cursor。智能体会先检查内容，经你确认再安装。

请帮我安装这个 Agent Skill：https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/bulk-rnaseq

1. 先读取该目录下的 SKILL.md 和其他文件，检查是否有可疑内容（执行未知脚本、读取密钥、向外发送数据等），用中文告诉我它会做什么、需要哪些权限；
2. 等我确认后，再把整个目录安装到 ~/.claude/skills/bulk-rnaseq/（如果你不是 Claude Code，安装到你自己约定的 skills 目录）；
3. 安装后告诉我怎么触发它。

安装到个人 Skill 目录（对所有项目生效）。只想在当前项目用，改为 .claude/skills/。

git clone --depth 1 --filter=blob:none --sparse https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/bulk-rnaseq-src
cd /tmp/bulk-rnaseq-src && git sparse-checkout set "skills/bulk-rnaseq"
mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r "skills/bulk-rnaseq" ~/.claude/skills/bulk-rnaseq

Skill 可以让智能体执行脚本。安装第三方 Skill 前务必看一遍内容，详见「安全」一课。

SKILL.md

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